Ngày 12/3/1998, Bảo tàng Vĩnh Long được Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 373/1998/QĐ-UBT công nhận bảo tàng hạng II. Tháng 9/1999, Ủy ban nhân dân tỉnh chấp thuận cho phép đầu tư cải tạo nâng cấp cơ sở vật chất. Đến ngày 01/02/2005, Bảo tàng Vĩnh Long tổ chức lễ khánh thành, từ đó đến nay việc tổ chức hoạt động của Bảo tàng ngày càng phong phú, đa dạng và đi vào chuyên môn hóa.

          Đơn vị gồm: Phòng Hành chính, Phòng Nghiệp vụ và Nhà Truyền thống Đảng bộ tỉnh Vĩnh Long, với tổng số 28 công chức, viên chức, người lao động, trong đó có 01 Giám đốc và 03 Phó Giám đốc.

Các phân khu chức năng của Bảo tàng:

1. Khu hành chính Bảo tàng: Là nơi làm việc của công chức, viên chức đơn vị.

2. Kho cơ sở Bảo tàng: Lưu giữ trên 28.000 tư liệu – hiện vật về lịch sử cách mạng, văn hóa dân tộc của tỉnh Vĩnh Long.

3. Khu trưng bày trong nhà, gồm có 04 hạng mục:

3.1. Nhà trưng bày Truyền thống Lịch sử - Cách mạng: Có diện tích 844m². Tầng trệt trưng bày chuyên đề: Hồ Chí Minh đẹp nhất tên Người; Vĩnh Long Anh Hùng. Tầng lầu trưng bày các chuyên đề: Truyền thống lịch sử đấu tranh của quân dân Vĩnh Long qua 02 cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ (từ năm 1930 đến năm 1975); Sắc màu quê hương.

3.2. Nhà Trưng bày Văn hóa Dân tộc: Có diện tích 738m². Tầng trệt trưng bày chuyên đề: Văn hóa Dân tộc: Kinh – Hoa – Khmer tỉnh Vĩnh Long và chuyên đề cổ vật. Tầng lầu trưng bày các chuyên đề: Vĩnh Long dấu ấn xưa.

3.3. Nhà cổ - nơi thờ Quốc Tổ Hùng Vương: Bảo tàng phục dựng phần kiến trúc bày trí nội thất một ngôi nhà xưa để giới thiệu một trong những kiểu nhà xưa còn tồn tại ở Vĩnh Long, trên diện tích 193m², đồng thời là nơi thờ Quốc Tổ  Hùng Vương, lễ giỗ Tổ Hùng Vương ngày mùng 10/3 âm lịch đã trở thành lễ hội thường niên của tỉnh. Vào ngày này, nhiều đoàn đại biểu của 8 huyện, thị xã, thành phố, lực lượng cán bộ, công chức, viên chức các sở, ban, ngành, đoàn thể và nhân dân trong và ngoài tỉnh đều hướng về Bảo tàng Vĩnh Long, nơi thờ Quốc Tổ Hùng Vương để thắp hương, tưởng nhớ đến cội nguồn dân tộc.

3.4. Nhà Trưng bày chuyên đề, có diện tích 486m². Tầng lầu trưng bày chuyên đề: Thành tựu về chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội, quốc phòng, an ninh của tỉnh giai đoạn 2010 – 2015. Tầng trệt để tổ chức trưng bày, triển lãm các chuyên đề phục vụ nhiệm vụ chính trị, các ngày lễ kỷ niệm trọng đại của tỉnh, của đất nước.

4. Khu trưng bày hiện vật ngoài trời, gồm: Súng thần công; xe tăng; sưu tập hiện vật tảng đá kê chân cột gỗ có niên đại từ thế kỷ XIX và đầu thế kỷ XX; máy bay; máy chém; thuyền độc mộc,..

5. Di tích lô cốt (Hầm tử thủ): Được xây dựng năm 1963, là hầm tử thủ bảo vệ dinh tỉnh trưởng Vĩnh Long của chế độ Việt Nam cộng hòa.

6. Di tích Khám lớn Vĩnh Long: Có diện tích 1.224,3m², do thực dân Pháp xây dựng năm 1915. Chính quyền Sài Gòn gọi đây là trung tâm cải huấn, thực chất là nơi giam cầm, tra tấn những người yêu nước ở Vĩnh Long và một số tỉnh Nam bộ.

7. Nhà Truyền thống Đảng bộ tỉnh: Tại xã Vĩnh Xuân, huyện Trà Ôn, tỉnh Vĩnh Long, có diện tích 11.000m², gồm: Nhà trưng bày, phòng đọc sách, bia lưu niệm, đình thần Vĩnh Xuân.

          - Lịch mở cửa:

          Bảo tàng Vĩnh Long mở cửa trưng bày phục vụ khách tham quan vào các ngày trong tuần từ thứ ba đến thứ sáu và sáng thứ bảy:

          + Sáng: Từ 7 giờ đến 11 giờ;

          + Chiều: Từ 13 giờ đến 17 giờ.